Desde ambos escenarios parlamentarios defendió los derechos de los trabajadores y de otros sectores sociales como los cocaleros; combatió al autoritarismo y la corrupción, e impulsó la creación de instituciones emblemáticas del sistema democrático boliviano como la Defensoría del Pueblo, el Tribunal Constitucional y el Consejo de la Judicatura.
Juan Del Granado fue precursor del juicio de responsabilidades contra Luís García Meza, más conocido como Juicio del Siglo. Una de las motivaciones para llevar adelante este juicio fue su amistad política y personal con los caídos de la calle Harrington: Ramiro Velasco, Luis Suárez, José Gonzalo Reyes, Ricardo Navarro, Artemio Camargo, Arcil Menacho, Gonzalo Barrón y Jorge Baldivieso, además de Quiroga Santa Cruz, todos asesinados por paramilitares de García Meza. Juan debía haber muerto con los ocho líderes miristas, pero por circunstancias de la vida no estuvo presente en la aciaga reunión del 15 de enero de 1981.
En 1984 Juan asumió uno de los retos más importantes de su vida: la acusación y el enjuiciamiento del ex dictador a nombre de los familiares de los mártires de la dictadura, de la COB y la Universidad Boliviana. Para ello se trasladó a Sucre donde enfrentó las agresiones del ex dictador y de los paramilitares. Por todo ello los medios de comunicación y periodistas lo denominaron “Juan Sin Miedo”.
El Juicio del Siglo se prolongó por nueve años, y el 23 de abril de 1993 se dictó la Sentencia condenatoria a 30 años de presidio sin derecho a indulto contra García Meza y Arce Gómez, sentando un precedente fundamental en la defensa de los Derechos Humanos, la justicia y la estabilidad democrática en Bolivia y América Latina. Se enjuiciaron a 56 personeros de la dictadura, y de ellos fueron sentenciados 45, varios de ellos miembros del gabinete, paramilitares y personeros civiles.
El 17 de julio de 2013, al recordarse 33 años del asesinato a Marcelo Quiroga Santa Cruz, fundador del Partido Socialista (PS), el jefe nacional del MSM reafirmó sus valores democráticos y su lucha contra todo tipo de autoritarismo e intolerancia de cualquier gobierno.